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船舶“绿色厕所”也是该服务区的一大亮点。“绿色厕所”其实是一个垃圾回收区，过往船只的生活垃圾和厨余垃圾以及污水，可通过手机预约，在此免费回收，每3天再由专门的环保公司上门收走。船舶“绿色厕所”3天可收集近10立方米的垃圾和污水，一年约回收各类污染物1500立方米，投运半个月以来，已有近500艘船只在此倾倒垃圾。
长江汇创始人方保利介绍，公司不久前又购置了一条趸船，与南京市海事局在兴隆洲服务区共同打造一个了“环保接收站”。将一条76米长、10米宽的趸船改为环保接收趸船，可以实现1200立方米污水、60个垃圾箱的日接收能力，每天为20艘船舶提供污水垃圾接收服务。如果试点成功，将在整个长江上进行推广。
此外，与一般服务区不同，这里的维修依托的是“互联网+”平台养船网。养船网不仅能提供船舶一键抢修、油品化验预约等线上服务，而且还能根据船舶航行里程、维修保养记录等，科学、及时地进行保养，保证船舶良好工况性能，解决“冒黑烟”等现象，减少污染气体排放。
南京航运物流综合服务中心相关负责人告诉记者，落实长江大保护必须实现绿色航运，因此，在南京区域性航运物流中心2019年各项建设任务中，坚持绿色生态航运发展是重头戏。绿色综合服务区的建设，正是我市引导运输企业节能减排、倡导节能高效运输组织方式的创新做法。
